Installation de tRNAscan-SE 2.0.12

Aucune librairie additionnelle est nécessaires. Cependant, il vous faudra avoir installer Infernal pour ne pas avoir d'erreur dans l'exécution…

Voici la procédure suivi pour l'installation de tRNAscan-SE à partir du code source:

• Il faut aller chercher l'archive du code source et compiler l'application sous /opt/bio/sources.

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O http://trna.ucsc.edu/software/trnascan-se-2.0.12.tar.gz
% sudo tar -zxvf trnascan-se-2.0.12.tar.gz
% sudo rm -rf trnascan-se-2.0.12.tar.gz

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./tRNAscan-SE-2.0
% sudo chmod -R 755 ./tRNAscan-SE-2.0

• Il semble que certaines erreurs se soit glissées dans la création de l'archive pour la distribution: le répertoire lib/tRNAscanSE n'est pas lisible pour tous, ce qui posera des problèmes lors de l'exécution du script. Donc, corrigeons:

% cd ./tRNAscan-SE-2.0
% sudo chmod o+x ./lib/tRNAscanSE

• La compilation se fait facilement en remontant d'un niveau, avec les commandes usuelles:

% sudo ./configure --prefix=`pwd` && sudo make

• On deux bugs à régler: un dans le script tRNAscan-SE où le chemin pour se rendre aux librairies qui sont sous ./lib/tRNAScanSE est mal écrit et dans tRNAScan-SE.conf où on a aussi un problème de chemin pour se rendre aux fichiers de modèles de gènes…

% sudo nano ./tRNAscan-SE
# Il faut changer la ligne 23:
use lib "/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/lib/tRNAscan-SE";
# Pour cette ligne:
use lib "/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/lib";
% sudo nano ./tRNAscan-SE.conf
# Il faut changer la ligne 6:
lib_dir: /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/lib/tRNAscan-SE;
# Pour cette ligne:
lib_dir: /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/lib;

• On a un dernier problème avec tRNAscan-SE… C'est en fait un script Perl qui encapsule le fonctionnement des applications qui sont sous ./bin et pourtant il se trouve un niveau plus haut, ce qui n'est pas nécessairement la manière de faire lorsqu'on installe les applications sous ./bin. Donc, on crée un lien symbolique dans le répertoire ./bin:

% sudo ln -s /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/tRNAscan-SE /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/bin/tRNAscan-SE 

• Il faut faire de même pour le fichier tRNAScan-SE.conf:

% sudo ln -s /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/tRNAscan-SE.conf /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/bin/tRNAscan-SE.conf 

• Il faut finalement modifier le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour que la ligne de commande puisse trouver l'application en y ajoutant ces lignes:

#
# tRNAscan-SE 2.0 specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/bin