Installation de Subread 2.0.6

• Aucune librairie additionnelle n'est nécessaire.

Voici la procédure suivi pour l'installation du package Subread à partir du code source:

• L'archive du code source a été téléchargé du site web sous /opt/bio/sources/ et décompressé.

 
% cd /opt/bio/sources 
% sudo curl -L -o subread-2.0.6-source.tar.gz https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.6/subread-2.0.6-source.tar.gz/download 
% sudo tar -zxvf subread-2.0.6-source.tar.gz 
% sudo rm -rf subread-2.0.6-source.tar.gz 

• Le dossier subread-2.0.6-source devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

 
% sudo chown -R root:root ./subread-2.0.6-source 
% sudo chmod 755 ./subread-2.0.6-source 

• Si nous êtes sur un ordinateur ARM64 (comme un RPi), on doit faire des modifications au fichier Makefile.Linux qui se trouve dans le répertoire src:

 
% cd ./subread-2.0.6-source/src
% sudo sed -i 's/-mtune=core2/-mtune=cortex-a72/g' Makefile.Linux 
% sudo sed -i 's/-mtune=core2/-mtune=cortex-a72/g' ./longread-one/Makefile

• Une fois qu'on se retrouve dans le dossier subread-2.0.6-source, la compilation se fait simplement:

 

% sudo make -f Makefile.Linux 

• Il faut éditer le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant ces lignes à la toute fin:

 
# 
# Subread specific environment variables 
# 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/subread-2.0.6-source/bin