Instruction d'installation de SAMtools 1.17

Il faut installer la/les librairie(s) suivant(e)s:

• libncurses-dev
• libbz2-dev

   % sudo apt-get install -y libncurses-dev libbz2-dev 

Pour installer SAMtools à partir du code source, il vous faut suivre la recette suivante:

• L'archive contenant le code source a été téléchargé à partir du site web et décompressée sous /opt/bio/sources:

 % cd /opt/bio/sources % sudo curl -L -O [[https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.17/samtools-1.17.tar.bz2|https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.17/samtools-1.17.tar.bz2]] % sudo tar -jxvf samtools-1.17.tar.bz2 % sudo rm -rf samtools-1.17.tar.bz2 

• On s'assure que le répertoire samtools-1.17 appartient à root et que ces permissions sont à 755:

 % sudo chown -R root:root ./samtools-1.17 % sudo chmod 755 ./samtools-1.17 

• Une fois dans le répertoire, la compilation est facile:

 % cd ./samtools-1.17 % sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install % cd ./htslib-1.17 % sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install 

• Pour rendre samtools et les utilitaires de htslib disponibles à tous, il faut faire ceci modifier le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant ces lignes:

 # # SAMTools specific environment variable # export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.17/bin export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.17/htslib-1.17/bin