Installation de RSEM 1.3.3

• Aucune librairie additionnelle n'est nécessaire.

Voici la procédure suivi pour l'installation de RSEM à partir du code source:

• L'archive du code source a été téléchargé du site web sous /opt/bio/sources/ et décompressé.

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o rsem.v1.3.3.tar.gz https://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.3.tar.gz
% sudo tar -zxvf rsem.v1.3.3.tar.gz
% sudo rm -rf rsem.v1.3.3.tar.gz

• Le dossier RSEM-1.3.3 devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./RSEM-1.3.3
% sudo chmod 755 ./RSEM-1.3.3

• Une fois qu'on se retrouve dans le dossier RSEM-1.3.3, la compilation se fait simplement:

% cd ./RSEM-1.3.3
% sudo make && sudo make install DESTDIR=`pwd`

• Il faut éditer le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant ces lignes à la toute fin:

#
# RSEM specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/RSEM-1.3.3