Installation de R 4.3.1

• Il vous faudra les librairies suivantes:

• gfortran
• libreadline6-dev
• libpng-dev
• libtiff5-dev
• libjpeg8-dev
• libcairo2-dev
• libxt-dev
• xorg-dev
• tcl-dev
• tk-dev
• texinfo
• texlive
• texlive-fonts-extra
• libblas-dev

% sudo apt-get --no-install-recommends install gfortran libreadline6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg8-dev libcairo2-dev libxt-dev xorg-dev tcl-dev tk-dev texinfo texlive texlive-fonts-extra libblas-dev

• Mais j'ai aussi trouvé un raccourci pour tout cela: Ubuntu à un package appelé r-base-dev pour permettre l'installation de modules R à partir de leur code source. Il suffit alors d'installer les dépendances de ce package pour avoir notre chaine de librairies nécessaire. Ceci vous facilitera l'existence aussi pour l'installation de nouveaux modules:

% sudo apt-get build-dep r-base-dev

• Et si vous tentez la chose, ça ne fonctionnera pas…

E: You must put some 'deb-src' URIs in your sources.list

• Il faut aller éditer le fichier /etc/apt/sources.list et décommenter toutes les lignes qui commencent par deb-src. Avant d'utiliser la ligne précédente, il faudra faire ceci:

% sudo apt-get update

• Source ou package? Dans le cas de R, c'est vraiment une bonne question à se poser car même si la philosophie de Impilo est de partir du source, R est un cas particulier vu sa complexité et le fait que plusieurs autres composantes retrouvées dans Impilo dépendent d'avoir R correctement installé… Cependant, construire à partir du code source est vraiment facile

• En premier lieu, il faut se placer dans /opt/bio/sources, télécharger l'archive du code source et la décompresser:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.3.1.tar.gz
% sudo tar -zxvf R-4.3.1.tar.gz
% sudo rm -rf mv R-4.3.1.tar.gz

• Deuxièmement, le répertoire R-4.3.1 doit appartenir à root et ses permissions doivent être 755:

% sudo chown -R root:root ./R-4.3.1
% sudo chmod 755 ./R-4.3.1

• La compilation est simple:

% cd ./R-4.3.1
% sudo ./configure --prefix=`pwd` --enable-R-shlib && sudo make && sudo make install

• Il reste à éditer le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en ajoutant ces lignes à la toute fin du fichier:

#
# R specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/R-4.3.1/bin

Le module IRkernel installé avec R est nécessaire pour pouvoir avoir une communication entre R et l'interface Jupyter Lab. Pour le faire, c'est très simple:

% R -e "install.packages('IRkernel',repos='https://muug.ca/mirror/cran')

NOTE: RStudio n'est pas disponible pour la plateforme ARM64.

Il existe plusieurs interfaces graphiques pour R et mon choix s'est porté sur RStudio. Pour installer RStudio, suivez simplement cette procédure:

• Téléchargez le fichier .deb dans votre répertoire maison:

% cd
% curl -L -O https://download1.rstudio.org/electron/jammy/amd64/rstudio-2023.06.0-421-amd64.deb

• RStudio a une dépendance pour son installation:

% sudo apt-get install libclang-dev

• Installer rstudio via dpkg et effacer le fichier .deb:

% sudo dpkg -i rstudio-2023.06.0-421-amd64.deb
% rm -rf rstudio-2023.06.0-421-amd64.deb

• RStudio devrait maintenant être disponible:

% rstudio

• Prenez note no. 1: il faut avoir modifier le fichier /etc/profile.d/impilo.sh et exécuter le commande suivante pour que RStudio puisse fonctionné:

% source /etc/profile.d/impilo.sh

• Prenez note no. 2: comme RStudio est une application graphique, il faut être dans un desktop Xfce ou bien invoquer RStudio via un terminal X. Sous Xfce, il se trouvera dans le menu Development.

• Pour effacer RStudio, utilisez également dpkg:

% sudo dpkg --purge rstudio-2023.06.0-421-amd64.deb