Installation de Pymol 2.5.0

• Les librairies suivantes sont nécessaires:

• python3-dev
• libglew-dev
• libpng-dev
• libfreetype6-dev
• libxml2-dev
• libmsgpack-dev
• python3-pyqt5.qtopengl
• libglm-dev
• libnetcdf-dev

 
% sudo apt-get install python3-dev libglew-dev libpng-dev libfreetype6-dev libxml2-dev libmsgpack-dev python3-pyqt5.qtopengl libglm-dev libnetcdf-dev

Pour réussir à être à jour dans les versions de ce logiciel, l'approche code source a été choisie.

• Premièrement, obtenir la dernière version stable du code source à partir de GitHub:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o pymol.v2.5.0.tar.gz https://github.com/schrodinger/pymol-open-source/archive/v2.5.0.tar.gz
% sudo tar -zxvf pymol.v2.5.0.tar.gz
% sudo rm -rf pymol.v2.5.0.tar.gz

• Il faut que root soit le propriétaire de ce répertoire:

% sudo chown -R root:root ./pymol-open-source-2.5.0
% sudo chmod 755 ./pymol-open-source-2.5.0

• La compilation se fait via le script d'installation contenu dans le répertoire:

% cd ./pymol-open-source-2.5.0
% sudo python3 ./setup.py build install \
--use-msgpackc=no \
--home=/opt/bio/sources/pymol-open-source-2.5.0

• Il faut ajouter les lignes suivantes à la toute fin du fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour que le système trouve les applications:

#
# PyMol specific environment variables 
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/pymol-open-source-2.5.0

• Pymol est une application avec interface graphique; il faut donc l“utiliser dans l'interface Xfce ou bien via un client VNC/RDP ou un serveur XWindows. L'application s'appelle simplement:

% pymol

• Il faut maintenant ajouter Pymol dans le menu Impilo:
  • Plus à venir…