Installation de Prokka 1.14.5

• Pour faire fonctionner Prokka, il faut s'assurer d'avoir la librairie BioPerl d'installer, ce qui devrait avoir été fait dans une installation Impilo. Il vous faut ajouter les librairies suivantes:
  • libdatetime-perl
  • libxml-simple-perl
  • libdigest-md5-perl

% sudo apt-get install libdatetime-perl libxml-simple-perl libdigest-md5-perl

• Le fonctionnement de Prokka dépend de la présence d'un certain nombre d'applications:
  • Absolument nécessaires:
    • BioPerl (voir ci-dessus)
    • BLAST+ (sur Impilo, devrait être déjà installé)
    • Prodigal (fourni par l'application sous ./binaries/linux)
    • TBL2ASN (fourni par l'application sous ./binaries/linux)
  • Souhaitables:
    • Aragorn (fourni par l'application sous ./binaries/linux)
    • Barrnap
    • HMMER3 (fourni par l'application sous ./binaries/linux)
  • Facultatives:
    • MinCED (fourni par l'application sous ./binaries/common)
    • SignalP (voir ce site; si ça vous intéresse, demandez-le!)
    • Infernal (si vous n'avez pas encore installé tRNASCAN-SE, c'est le temps!)

• Avant de poursuivre, il faut donc vous assurer d'avoir installé toutes ces applications en place.

• Une fois cela complété, il vous faut faire les opérations suivantes:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o prokka-1.14.5.tar.gz https://github.com/tseemann/prokka/archive/v1.14.5.tar.gz
% sudo tar -zxvf prokka-1.14.5.tar.gz
% sudo rm prokka-1.14.5.tar.gz

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./prokka-1.14.5
% sudo chmod -R 755 ./prokka-1.14.5

• On termine en modifiant le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour y mettre à la fin les infos sur la position des applications:

#
# Prokka specific environment variables
#
export PATH=:$PATH:/opt/bio/sources/prokka-1.14.5/bin