Installation de Prodigal 2.6.3

Aucune librairie additionnelle est nécessaires.

Voici la procédure suivi pour l'installation Prodigal à partir du code source:

• Il faut aller chercher l'archive du code source et compiler l'application sous /opt/bio/sources:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o prodigal.v2.6.3.tar.gz https://github.com/hyattpd/Prodigal/archive/v2.6.3.tar.gz
% sudo tar -zxvf prodigal.v2.6.3.tar.gz
% sudo rm -rf prodigal.v2.6.3.tar.gz

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./Prodigal-2.6.3
% sudo chmod -R 755 ./Prodigal-2.6.3

• Dès lors, la compilation se fait facilement:

% cd Prodigal-2.6.3
% sudo make

• On se simplifie l'existence:

% sudo mkdir ./bin
% sudo ln -s /opt/bio/sources/Prodigal-2.6.3/prodigal /opt/bio/sources/Prodigal-2.6.3/bin/prodigal

• Il faut finalement modifier le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour que la ligne de commande puisse trouver l'application en y ajoutant ces lignes:

#
# Prodigal specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/Prodigal-2.6.3/bin