Installation de Picard 3.0

• Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire à part Java, déjà installé.

• On doit se créer un nid sous /opt/bio/sources et on va chercher l'archive JAR sur GitHub:

% cd /opt/bio/sources
% sudo mkdir picard-3.0
% cd picard-3.0
% sudo curl -L -O https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/3.0.0/picard.jar

• Pas besoin de spécifier que tout appartient à root car c'est déjà le cas via la commande sudo

• On crée un petit script bash qui facilitera notre existence:

% sudo nano ./runPicard

• On y met le texte suivant:

#!/bin/bash
java -jar ./picard.jar $@

• Il faut rendre ce script executable:

% sudo chmod +x ./runPicard

• Les étapes précédentes rendent l'utilisation de Picard un peu plus facile: il n'est plus nécessaire de taper la commande java complète, seulement le nom du programme Picard désiré et les paramètres et fichiers d'utilisation.

• On termine en modifiant le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour y mettre à la fin les infos sur la position des applications:

#
# Picard specific environment variables
#
export PATH=:$PATH:/opt/bio/sources/picard-3.0