Installation de NCBI Workbench 3.8.2

• Il faut installer les librairies suivantes:
  • libftgl2
  • libgl2ps1.4
  • libosmesa6
  • pristine-tar
  • xdelta
  • libxdelta2

% sudo apt-get install libftgl2 libgl2ps1.4 libosmesa6 pristine-tar xdelta libxdelta2

• Téléchargez le fichier .deb dans votre répertoire maison:

% curl -L -O https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/toolbox/gbench/ver-3.8.2/gbench-ubuntu22.04-amd64-3.8.2-1.deb

• Installer ncbigenomeworkbench via dpkg et effacer le fichier .deb:

% sudo dpkg -i gbench-ubuntu22.04-amd64-3.8.2-1.deb
% rm -rf gbench-ubuntu22.04-amd64-3.8.2-1.deb

• Prenez note qu'il faut avoir modifier le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour que Genome Workbench puisse fonctionné. Comme vous voyez, il s'est installé sous /opt/ncbi donc hors de l'arborescence Impilo:

#
# NCBI Genome Workbench specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/ncbi/gbench-3.8.2/bin

• Prenez note également que comme NCBI Genome Workbench est une application graphique, il faut être dans un desktop Xfce ou bien l'invoquer via un terminal X.

• Pour effacer NCBI Genome Workbench, utilisez également dpkg:

% sudo dpkg --purge gbench-linux-Ubuntu-bionic_amd64-3.8.2.deb