Installation de Jellyfish 2.3.0

Aucune librairie additionnelle n'est nécessaire.

• Il faut aller chercher le code source sur GitHub:

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases/download/v2.3.0/jellyfish-2.3.0.tar.gz
% sudo tar -zxvf jellyfish-2.3.0.tar.gz
% sudo rm -rf jellyfish-2.3.0.tar.gz

• Il faut s'assurer que le répertoire jellyfish-2.3.0 appartient à root avec les bonnes permissions:

% sudo chown -R root:root ./jellyfish-2.3.0
% sudo chmod 755 ./jellyfish-2.3.0

• On procède à la compilation grâce au ballet habituel:

% cd jellyfish-2.3.0
% sudo ./configure --prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install

• Pour accéder au programme, on modifie le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour y ajouter les lignes suivantes:

#
# Bedtools specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/jellyfish-2.3.0/bin