Installation de JChemPaint 3.4

Java, déjà installé. De plus, les applications et libraries suivantes sont nécessaires:

• gettext
• maven

% sudo apt install gettext maven 

NOTE: Il est maintenant nécessaire de compiler le code source de JChemPaint car le site GitHub ne semble pas contenir de JAR prêt à l'emploi…

Voici la procédure suivi pour l'installation de JChemPaint:

• On crée un répertoire sous /opt/bio/sources pour l'y mettre et on paramètre les permissions:

% cd /opt/bio/sources
% sudo mkdir jchempaint-3.4 && cd jchempaint-3.4
% sudo chown -R root:root /opt/bio/sources/jchempaint
% sudo chmod 755 /opt/bio/sources/jchempaint

• On va chercher l'archive et on l'extrait en s'assurant de ne garder que les éléments qui y sont contenu sans avoir le répertoire racine:

% sudo curl -L -o jchempaint-3.4.tar.gz https://github.com/JChemPaint/jchempaint/tarball/master
% sudo tar -zxvf jchempaint-3.4.tar.gz --strip-components=1
% sudo rm jchempaint-3.4.tar.gz

• Il nous faut maintenant compiler le code Java avec l'utilitaire mvn:

% sudo mvn install -DskipTests

• On crée un petit script pour faciliter le démarrage:

% sudo nano runJChemPaint

• On y mets le code suivant:

#!/bin/sh
java -jar /opt/bio/sources/jchempaint-3.4/app-jar/target/JChemPaint.jar

• Il faut rendre ce script exécutable:

% sudo chmod +x runJChemPaint

• Finalement, pour que le système trouve l'application, éditer le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant ces lignes à la toute fin du fichier:

#
# JChemPaint specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/jchempaint-3.4

• Pour ajouter JChemPaint dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:
  • Plus à venir…