Installation de HISAT 2 2.2.1

• Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire.
• Comme on n'utilise pas ncbi-ngs, il est impossible d'accéder aux archives SRA pour extraire des fichiers de séquences.

Voici la procédure suivi pour l'installation de Bowtie2 à partir du code source:

• Sous /opt/bio/sources, l'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o hisat2-2.2.1.zip https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/hisat2-221-source/download
% sudo unzip hisat2-2.2.1.zip
% sudo rm hisat2-2.2.1.zip

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./hisat2-2.2.1
% sudo chmod 755 ./hisat2-2.2.1

• La compilation se fait simplement:

% cd hisat2-2.2.1
% sudo make

• Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, simplement créer un répertoire bin dans hisat2-2.2.1, créer un lien symbolique pour les nouvelles applications crées:

% sudo mkdir ./bin
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2 /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-align-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-align-l
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-align-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-align-s
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build-l
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build-s
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect-l
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect-s

• Finalement, ajouter ces lignes à la fin du fichier /etc/profile.d/impilo.sh

#
# HISAT 2 specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin