Installation de GFFread 0.12.7

• Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire

Voici la procédure suivi pour l'installation de GFFread à partir du code source:

• L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o gffread-0.12.7.tar.gz https://github.com/gpertea/gffread/archive/refs/tags/v0.12.7.tar.gz
% sudo tar -zxvf gffread-0.12.7.tar.gz
% sudo rm -rf gffread-0.12.7.tar.gz

• Le dossier créé devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./gffread-0.12.7
% sudo chmod -R 755 ./gffread-0.12.7

• Une fois qu'on se retrouve dans le dossier /opt/bio/sources/gffread-0.12.7, la compilation se fait simplement:

% cd ./gffread-0.12.7
% sudo make all

• Apres compilation, je crée un lien symbolique dans un nouveau répertoire appelé /opt/bio/sources/gffread-0.12.7/bin:

% sudo mkdir ./bin 
% sudo ln -s /opt/bio/sources/gffread-0.12.7/gffread /opt/bio/sources/gffread-0.12.7/bin/gffread

• Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, il faut modifier le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant les lignes suivantes:

#
# GFFread specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/gffread-0.12.7/bin