Installation de GFFcompare 0.12.6

• Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire

Voici la procédure suivi pour l'installation de GFFcompare à partir du code source:

• L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o gffcompare-0.12.6.tar.gz https://github.com/gpertea/gffcompare/archive/refs/tags/v0.12.6.tar.gz
% sudo tar -zxvf gffcompare-0.12.6.tar.gz
% sudo rm -rf gffcompare-0.12.6.tar.gz

• Le dossier créé devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./gffcompare-0.12.6
% sudo chmod -R 755 ./gffcompare-0.12.6

• Une fois qu'on se retrouve dans le dossier /opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6, la compilation se fait simplement:

% cd ./gffcompare-0.12.6
% sudo make all

• Apres compilation, je crée un lien symbolique dans un nouveau répertoire appelé /opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6/bin:

% sudo mkdir ./bin 
% sudo ln -s /opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6/gffcompare /opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6/bin/gffcompare
% sudo ln -s /opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6/trmap /opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6/bin/trmap

• Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, il faut modifier le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant les lignes suivantes:

#
# GFFcompare specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6/bin