Instructions d'installation et de configuration de EMBOSS 6.6.0

Les librairies suivantes sont nécessaires afin de compiler EMBOSS et les applications EMBASSY avec succès:

• libx11-dev
• libgd-dev
• libpng-dev
• libgd-tools
• libncurses5-dev (nécessaire pour EMNU)
• libplplot-dev
• plplot12-driver-xwin
• libxaw7-dev (nécessaire pour la compilation de PHYLIP)
• libhpdf-dev
• ant (nécessaire pour le compilation du code java de Jemboss)
• libmysqlclient-dev (nécessaire pour qu'EMBOSS puisse être configurer pour la recherche de séquences sur ENSEMBL)

<code> % sudo apt-get –no-install-recommends install libx11-dev libgd-dev libncurses5-dev libpng-dev libplplot-dev plplot-driver-xwin libxaw7-dev libhpdf-dev ant libmysqlclient-dev libpam0g-dev </sxh>

Deux détails importants:

• Assurez vous d'avoir installé JDK8 de Java, et non simplement JRE8. La distinction est importante: le JRE permet d'exécuter des applications Java mais le JDK vous permet de les construire.
  • Si vous avez suivi la procédure pour l'installation de l'environnement de développement, vous devriez être prêt!

• Comme EMBOSS contient des applications encadrant l'utilisation de clustalw et de primer3, ceux-ci devraient être installé avant.

Voici la procédure suivi pour l'installation de EMBOSS et de l'interface graphique Jemboss à partir du code source:

• L'archive du code source de EMBOSS a été téléchargé du site web et décompressé dans /opt/bio/sources.

% cd /opt/bio/sources
% sudo wget https://science-annex.org/pub/emboss/EMBOSS-6.6.0.tar.gz
% sudo tar -zxvf EMBOSS-6.6.0.tar.gz
% sudo rm -rf EMBOSS-6.6.0.tar.gz

• Le dossier EMBOSS-6.6.0 devrait appartenir à root. Ces permissions devraient être 755. Plongez dans le répertoire EMBOSS-6.6.0:

% sudo chown -R root:root ./EMBOSS-6.6.0
% sudo chmod -R 755 ./EMBOSS-6.6.0
% cd ./EMBOSS-6.6.0

• Depuis la version 18.04_A18, les applications EMBASSY ne sont plus installées d'office. Donc:
  • Ou bien vous ne les installer pas et vous continuer à la prochaine étape;
  • Si vous voulez installer les applications EMBASSY, procéder auparavant à cette étape en annexe. Il est important de les installer avant de procéder à l'installation d'EMBOSS à proprement parlé.

• Il faut faire un petit tour de passe-passe pour que le code Jemboss se compile sans erreur: il faut créer une lien symbolique pour que le compilateur retrouve un fichier qui a changé de place une installation Java 8.

% sudo ln -s /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/include/linux/jni_md.h /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/include/jni_md.h

• La compilation se fait avec la valse usuelle:

% sudo ./configure --with-x --enable-64 --prefix=/opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0 --with-java=/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64 --with-javaos=/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/include
% sudo make && sudo make install

• Ne soyez pas presser, ça va vous prendre un certain temps…

• Il ne reste qu'à éditer le fichier /etc/profile.d/impilo.sh pour y ajouter ces lignes à la toute fin du fichier:

#
# EMBOSS specific environment variables
#
export EMBOSS_HOME=/opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0
export PATH=$PATH:$EMBOSS_HOME/bin
export EMBOSS_DATA=$EMBOSS_HOME/emboss/data

• Une fois que l'installation s'est terminée, testez votre installation:

% source /etc/profile.d/impilo.sh
% embossversion
# Vous devriez voir ceci:
Reports the current EMBOSS version number
6.6.0.0
%

• Si au contraire, vous observez ceci, la solution est simple:

% embossversion
embossversion: error while loading shared libraries: libnucleus.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory
# Faite cette commande:
% sudo /sbin/ldconfig

• Pour vous faciliter l'existence, créer un lien symbolique pour runJemboss.sh:

% sudo ln -s /opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0/bin/runJemboss.sh /opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0/bin/runJemboss

• Les applications EMBOSS (et EMBASSY si installées) sont maintenant disponibles via la ligne de commande. Pour Jemboss, il faut maintenant ajouter l'ajouter dans le menu Impilo > Applications d'usage général:
  • À venir…

• Pour démarrer Jemboss à partir de la ligne de commande:

<code> % runJemboss & </sxh>

EMBOSS comprends des applications qui s'appuient sur des bases de données externes pour leur fonctionnement. Comme il est possible que d'autres applications dans le futur nécessitent ces mêmes bases de données, j'ai crée /opt/bio/data afin de centraliser la gestion de ces bases de données. Cependant, prenez note:

• La base de données The Codon Usage Tabulated from GenBank (CUTG) n'est pas incluse à cause de sa taille: plus de 2Gb! Vous devrez la télécharger vous-même et suivre les instructions générales ci-dessous pour installation via cutgextract.

• Pour TRANSFAC, comme aucune version publique n'existe (je sais, on peut en trouver des versions sur le Net mais ne compter pas sur moi pour les inclure…), elle n'existe pas dans Impilo. Si vous avez la chance d'être dans un labo riche, vous pouvez vous la procurer ici et utiliser tfextract.

• AAINDEX : base de données pour acides aminés
  • Site web: AAINDEX
  • Localisation des données:ftp://ftp.genome.jp/pub/db/community/aaindex/
  • Fichier(s) à télécharger: aaindex1 / aaindex2 / aaindex3
  • Localisation sous Impilo: /opt/bio/data/aaindex
  • Logiciel d'indexage EMBOSS: aaindexextract

• JASPAR : base de données de sites reconnus par les facteurs transcriptionnels
  • Site web: JASPAR
  • Localisation des données: http://jaspar.genereg.net/html/DOWNLOAD/
  • Fichier(s) à télécharger: Archive.zip.
    • Après déplacement sous /opt/bio/data/jaspar et décompression, les fichiers sont sous Archive/all_data/FlatFileDir.
  • Localisation sous Impilo: /opt/bio/data/jaspar
  • Logiciel d'indexage EMBOSS: jaspextract

• PROSITE : base de données de signatures protéiques
  • Site web: PROSITE
  • Localisation des données: ftp://ftp.expasy.org/databases/prosite/
  • Fichier(s) à télécharger: prosite.dat and prosite.doc
  • Localisation sous Impilo: /opt/bio/data/prosite
  • Logiciel d'indexage EMBOSS: prosextract

• PRINTS : base de données de signatures protéiques
  • Site web: PRINTS
  • Localisation des données: ftp://ftp.bioinf.man.ac.uk/pub/prints/
  • Fichier(s) à télécharger: prints<version>.dat.gz
  • Localisation sous Impilo: /opt/bio/data/prints
  • Logiciel d'indexage EMBOSS: printextract

• REBASE : base de données d'enzymes de restriction
  • Site web: REBASE
  • Localisation des données: ftp://ftp.neb.com/pub/rebase
  • Fichier(s) à télécharger: withrefm.<version> and proto
  • Localisation sous Impilo: /opt/bio/data/rebase
  • Logiciel d'indexage EMBOSS: rebaseextract

EMBOSS utilise des applications d'indexage qui prennent le contenu de ces diverses bases de données pour créer des indexes utilisables par les divers programmes qui en ont besoin. Une procédure très générale utilise ces étapes:

• Déplacer vers le répertoire de la base de données à indexer dans /opt/bio/data.

• Vous devez non seulement agir comme root mais être root; agir via sudo n'est pas suffisant:

% sudo su

• Une fois que vous êtes root, vous devez simplement appeler l'indexeur approprié pour la base de données à indexer et à suivre les instructions! À la suite de l'indexage, les applications demandant cette base de données devraient maintenant fonctionner tel que désiré.

• Assurez vous d'être dans le répertoire racine pour EMBOSS 6.6.0 et créez un répertoire appellé embassy, avec les mêmes permissions que le répertoire racine et plongez-y:

% cd /opt/bio/sources/emboss-6.6.0
% mkdir embassy
% sudo chown -R root:root ./embassy
% cd embassy

• Les applications EMBASSY peuvent être obtenu du site suivant: ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/. Voici la liste des applications EMBASSY actuellement disponibles:
  • CBSTOOLS-1.0.0.650.tar.gz
  • CLUSTALOMEGA-1.1.0.tar.gz
  • DOMAINATRIX-0.1.650.tar.gz
  • DOMALIGN-0.1.650.tar.gz
  • DOMSEARCH-0.1.650.tar.gz
  • EMNU-1.05.650.tar.gz
  • ESIM4-1.0.0.650.tar.gz
  • HMMER-2.3.2.650.tar.gz
  • IPRSCAN-4.3.1.650.tar.gz
  • MEME-4.7.650.tar.gz
  • MSE-3.0.0.650.tar.gz
  • PHYLIPNEW-3.69.650.tar.gz
  • SIGNATURE-0.1.650.tar.gz
  • STRUCTURE-0.1.650.tar.gz
  • TOPO-2.0.650.tar.gz
  • VIENNA-1.7.2.650.tar.gz

% wget ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/CBSTOOLS-1.0.0.650.tar.gz
#
# Faites de meme pour toutes les autres applications EMBASSY
#
# Utiliser le shell pour décomprimer le tout...
% for i in `ls`; do sudo tar -zxvf $i && sudo rm $i;done

• Pour utiliser les applications EMBASSY, il vous faudra vous rendre dans chaque répertoire sous embassy pour compiler les compilées. Par exemple:

% cd ./embassy/CBSTOOLS-1.0.0
% sudo ./configure --with-x --enable-64 --prefix=/opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0
% sudo make && sudo make install

• Si vous êtes dans le répertoire embassy, ceci est une alternative utile:

for i in  in `ls`; do cd $i && sudo ./configure --with-x --enable-64 --prefix=/opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0 && sudo make && sudo make install && cd ..;done

• Notez bien que ces étapes doivent être effectuées avant la compilation de EMBOSS.