La plupart du temps, il est nécessaire d'accéder à un serveur distant pour faire des analyses complexes et exigentes en ressources. La plupart des outils étant utilisé en mode textuel (command-line interface), il ne faut qu'un outil pour accéder à une console:
Certains outils (tel ImageJ ou bien PyMol) demandent un interface graphique pour les utilisés, avec fenêtres et interactions avec une souris. Il faut alors travailler un peu plus fort