Les plateformes de criblage de l'expression génique à haut débit sont des techniques puissantes mais aussi sensibles à plusieurs éléments de variabilité, autant de nature biologique que de nature technique:
Pour toutes ces raisons, il est souhaitable de vérifier la qualité des données obtenues avant de procéder à la normalisation et l'analyse de l'expression différentielle. Des réplicats ayant trop de variations vont nécessairement induire des problèmes à des étapes ultérieures; il est donc nécessaire de les identifier tôt dans le processus.