La plateforme Illumina génère une série de fichiers contenant les données à l'échelle des billes elles-même ainsi que les images obtenues durant l'acquisition en tant que telle. Ces fichiers ne sont pas toujours rendu disponibles à l'usager final. Une autre possibilité est la création de fichiers résumant les signaux observés pour chaque sonde et/ou pour chaque gène d'une puce donnée; c'est le plus souvent de cette manière que l'usager obtiendra ces résultats.
Les notes suivantes sont largement inspirées des vignettes R/Bioconductor pour les librairies utilisées: beadarray et lumi.
beadarraylumi