====== Pourquoi s'évertuer à créer une distribution Linux pour la bio-informatique? ======

Et c'est vraiment une très bonne question :-) Il existe pourtant déjà plusieurs efforts de distributions Linux ciblant la bio-informatique:

  * [[http://www.dnalinux.com/|DNALinux]]
  * [[http://envgen.nox.ac.uk/tools/bio-linux|NEBC Bio-Linux]]
  * [[http://www.vigyaancd.org/|Vigyaan]]
  * [[http://www.bioinformatics.org/vlinux/|VLinux]]

Pourtant, en les analysant de près, la plupart ne peuvent répondre à nos besoins de formation à cause d'un ou plusieurs des points suivants:

  * Dans plusieurs cas, les applications sont obsolètes ou sont des versions démodées d'applications usuelles.
  * Certaines d'entre elles semblent plus dirigées vers une clientèle spécifique: chimie structurale, etc.
  * Très peu d'entres elles contiennent une documentation utile, non seulement décrivant les applications et leur usage mais également capable d'assister l'utilisateur à répondre à ces questions.
  * La plupart ne contiennent aucun outil de biologie intégrative ou de génomique/transcriptomique.
  * Certaines d'entre elles ne semblent pas avoir de support actif.
  * Certaines d'entre elles sont très spécialisées, demandant une grappe de calcul pour être utilisable (par exemple: Bio roll sur ROCKS).

Après avoir évaluer ces solutions, nous en sommes venu à la conclusion que nous devions faire table rase et partir de zéro pour construire une installation bio-informatique Linux pour l'enseignement dans nos cours. Cette documentation se veut aussi pour nos étudiants un point de départ pour la construction d'un serveur de bio-informatique dans le cadre de leur travail.

— //[[sylvain.foisy@diploide.net|foisys]] 2020/05/09 13:59//