===== Impilo - Installation de base =====


===== Arborescence du système de fichiers pour Impilo =====

Pour ne pas être trop "unique", j'ai décidé de mettre tout le contenu spécifique à Impilo sous le répertoire ''/opt/bio''; sous ce répertoire, vous trouverez les items suivants:

  * ''**/opt/bio/data**'': Tout les fichiers de données biologiques pertinents pour l'utilisation des applications Impilo (par exemple, les fichiers des bases de données BLAST).
  * ''**/opt/bio/docs**'': Toute la documentation créée pour Impilo, incluant ce wiki. Consulter ces [[:fr:install:apache_config_impilo|instructions]] pour la configuration Apache spécifique à cette MV.
  * ''**/opt/bio/sources**'': Où se trouvent toutes les applications bioinformatiques.


===== Modifications de fichiers spécifiques du système de base =====

==== Modifications à /etc/skel/.bashrc ====

  * Retirer le caractère de commentaire de cette ligne pour permettre l'utilisation des couleurs sur la console:

<sxh bash>
#force_color_prompt=yes

</sxh>

devient

<sxh bash>
force_color_prompt=yes

</sxh>

  * Modifier ce bloc de sxh pour raccourcir l'affichage de la localisation dans le système de fichiers et enlever le vert comme couleur par défaut du prompt usager:

<sxh bash>
if [ "$color_prompt" = yes ]; then
    PS1='${debian_chroot: ($debian_chroot)}[033[01;32m]u@\h[033[00m\]:[033[01;34m]w[033[00m]$ '
else
    PS1='${debian_chroot: ($debian_chroot)}\u@\h:\w\$ '
fi

</sxh>

devient

<sxh bash>
if [ "$color_prompt" = yes ]; then
    PS1='${debian_chroot: ($debian_chroot)}\u@\h:[033[01;34m]W[033[00m]$'
else
    PS1='${debian_chroot: ($debian_chroot)}\u@\h:\W\$ '
fi

</sxh>

  * En dernier, retirer le commentaire de cette ligne pour accentuer l'affichage du contenu filtré par ''grep'':

<sxh bash>
#alias grep='grep --color=auto'

</sxh>

devient

<sxh bash>
alias grep='grep --color=auto'

</sxh>

  * Après tout ceci, copier ce fichier sous ''/home/bioubuntu''  pour donner ces caractéristiques à l'usager ''bioubuntu''. Tous les autres usagers l'auront par défaut.

===== Modifications de fichiers spécifiques du système de base =====

==== Modifications à /etc/skel/.bashrc ====

  * Retirer le caractère de commentaire de cette ligne pour permettre l'utilisation des couleurs sur la console:

<sxh bash>
#force_color_prompt=yes

</sxh>

devient

<sxh bash>
force_color_prompt=yes

</sxh>

  * Modifier ce bloc ''bash'' pour raccourcir l'affichage de la localisation dans le système de fichiers et enlever le vert comme couleur par défaut du prompt usager:

<sxh bash>
if [ "$color_prompt" = yes ]; then
    PS1='${debian_chroot: ($debian_chroot)}[033[01;32m]u@\h[033[00m\]:[033[01;34m]w[033[00m]$ '
else
    PS1='${debian_chroot: ($debian_chroot)}\u@\h:\w\$ '
fi

</sxh>

devient

<sxh bash>
if [ "$color_prompt" = yes ]; then
    PS1='${debian_chroot: ($debian_chroot)}\u@\h:[033[01;34m]W[033[00m]$'
else
    PS1='${debian_chroot: ($debian_chroot)}\u@\h:\W\$ '
fi

</sxh>


  * Après tout ceci, copier ce fichier sous ''/home/bioubuntu''  pour donner ces caractéristiques à l'usager ''bioubuntu''. Tous les autres usagers l'auront par défaut.

==== Créer le fichier /etc/profile.d/impilo.sh ====

Lorsqu'un usager se connecte à un serveur Ubuntu, le script qui crée la session pour cet usager lit les fichiers sous ''/etc/profile.d''  pour fixer certains paramètres de cette session, entre autre où trouver les applications disponibles. Pour garder la philosophie de garder Impilo pour lui-même, un fichier appelé ''/etc/profile.d/impilo.sh'' est créer pour y contenir les paramètres qui lui sont spécifiques:

<sxh bash>
% sudo touch /etc/profile.d/impilo.sh

</sxh>