====== Processus d'installation des applications bio-informatiques retrouvées dans Impilo ====== Impilo a comme but premier de rendre disponible sur un seul serveur le plus grand nombre possible d'applications en bio-informatique tout en associant ces applications à une documentation pertinente pour une utilisation optimale et pour l'enseignement. Cette liste est mise à jour à chaque année, avant le début de la session d'automne; rappelez-vous que nous sommes avant tout des enseignants ;-) ===== Installation automatisée via Ansible ===== * Une suite de scripts Ansible permettant l'installation automatique de l'environnement Impilo est maintenant disponible sur GitHub! * Comment faire? En partant d'une machine virtuelle vierge, créé tel que décrit à partir d'ici, suivez les étapes suivantes: * Étape 1: assurer vous d'être à jour sur votre MV: % sudo apt update && sudo apt upgrade * Étape 2: installer la toute dernière version de ''pip'': % sudo apt install python3-pip * Étape 3: installer Ansible via ''pip'': % sudo pip3 install ansible * Étape 4: télécharger les scripts Ansible via ''git'': % git clone [[https://github.com/foisys/impilo-ansible|https://github.com/foisys/impilo-ansible]] * Étape 5: exécuter le fichier ''standalone.yml'' de la manière suivante: % cd ./impilo-ansible % ansible-playbook –ask-become-pass -i inventory standalone.yml * Étape 6: aller vous occuper de votre vie! Ça va prendre un certain temps… Cette procédure est un //work in progress// mais a été testé et fonctionne bien sur une VM créé par VirtualBox et sur un serveur Raspberry Pi 4B 8Gb :-) ===== Applications d'exploration génomique ===== * [[:fr:install:bin_app_repository:artemis|Artemis]] 24.04 A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:igv|Integrated Genome Viewer]] 24.04 A24 ===== Applications multi-fonction ===== * [[:fr:install:bin_app_repository:emboss|EMBOSS / EMBASSY / Jemboss]] 24.04 A24 ===== Alignements pairwise ===== * [[:fr:install:bin_app_repository:gepard|GEPARD]] 24.04 A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:blast|BLAST]] 24.04 A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:fasta|FASTA]] 24.04 A24 ===== Alignements multiple ===== * [[:fr:install:bin_app_repository:clustalw|CLUSTALW]] 24.04 A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:clustalomega|CLUSTAL OMEGA]] 24.04 A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:mafft|MAFFT]] 24.04 A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:muscle3|MUSCLE]] 24.04 A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:tcoffee|T-COFFEE]] 24.04 A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:aliview|AliView]] 24.04 A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:jalview|JalView]] 24.04 A24 ===== Outils pour annotation de gènes ===== * [[:fr:install:bin_app_repository:barrnap|Barrnap]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:hmmer2|HMMER2]] / [[:fr:install:bin_app_repository:hmmer3|HMMER3]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:infernal|Infernal]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:prodigal|Prodigal]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:prokka|Prokka]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:trnascan|tRNAScan-SE]] 22.04 A23 ===== Analyse structurale des acides nucléiques ===== * [[:fr:install:bin_app_repository:rnamotif|RNAMotif]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:vienna|ViennaRNA Package]] 22.04 A23 ===== Transcriptomique ===== * [[:fr:install:bin_app_repository:gffcompare|GFFcompare]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:gffread|GFFread]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:rsem|RSEM]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:salmon|Salmon]] 24.04 A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:stringtie|StringTie]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:subread|Subread]] 22.04 A23 ===== Modélisation moléculaire ===== * JChemPaint Retiré pour 24.04A24 * Jmol Retiré pour 24.04A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:pymol|Pymol]] 22.04 A23 ===== Imagerie scientifique ===== * [[:fr:install:bin_app_repository:imagej|ImageJ]] 22.04 A23 ===== Biostatistiques et analyses quantitatives ===== * [[:fr:install:bin_app_repository:r|R]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:bioconductor|Bioconductor]] 22.04 A23 ===== Design et gestion d'amorces ===== * [[:fr:install:bin_app_repository:primer3|Primer3]] 24.04 A24 ===== Outils de séquençage à bas et haut débit: Assembleurs ===== * [[:fr:install:bin_app_repository:bowtie2|Bowtie 2]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:hisat2|HISAT 2]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:spades|SPAdes]] 24.04 A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:trinity|Trinity]] 22.04 A23 ===== Outils de séquençage à bas et haut débit: Utilitaires ===== * [[:fr:install:bin_app_repository:bedtools|BEDTools]] 24.04 A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:fastp|FastP]] 24.04 A24 * [[:fr:install:bin_app_repository:fastqc|FastQC]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:jellyfish|Jellyfish]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:picard|Picard]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:qualimap|Qualimap]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:samtools|SAMtools]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:seqmonk|SeqMonk]] 22.04 A23 * [[:fr:install:bin_app_repository:trimmomatic|Trimmomatic]] 22.04 A23 ===== Bases de données: Utilitaires d'extraction de données ===== * [[:fr:install:bin_app_repository:edirect|NCBI Entrez Direct]] * [[:fr:install:bin_app_repository:sratoolkit|NCBI SRA Toolkit]]