====== Trimmomatic ======

===== Introduction =====

  * Trimmomatic [(bolger_am_2014)] est une application qui permet de simultanément:
    * Retirer les séquences FASTQ qui sont globalement de basse qualité;
    * D'élaguer les portions de faible qualité des séquences FASTQ;
    * De retirer les section des séquences qui sont des complémentaires aux amorces canoniques Illumina
  * Trimmomatic est capable de filter des fichiers de séquences //paired-end// en retirant successivement les séquences de basse qualité dans chacun tout en préservant l'ordre et le pairage.  

===== Informations générales =====

Site web: [[http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic|http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic]]

License: [[http://www.gnu.org/licenses/lgpl.html|GNU LGPL v.3]]

===== Instructions d'installation =====

^  Version Impilo  ^  Version installée  |
^ Impilo 24.04 A25  |  [[.:24_04_a25_build:trimmomatic_039|0.39]]  |
^ Impilo 22.04 A23  |  [[.:22_04_a23_build:trimmomatic_039|0.39]]  |

===== Instruction d'usage =====

  * Plus à venir...

===== Références =====
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notes-separator : none
</refnotes>