====== Instruction d'installation de SAMtools 1.21 ======

===== Librairies additionnelles =====

Il faut installer la/les librairie(s) suivant(e)s:

  * ''libncurses-dev''
  * ''libbz2-dev''

<sxh bash> 
% sudo apt-get install -y libncurses-dev libbz2-dev 
</sxh>

===== Procédure =====

Pour installer SAMtools à partir du code source, il vous faut suivre la recette suivante:

  * L'archive contenant le code source a été téléchargé à partir du site web et décompressée sous ''/opt/bio/sources'':

<sxh bash> 
% cd /opt/bio/sources 
% sudo curl -L -O https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.21/samtools-1.21.tar.bz2
% sudo tar -jxvf samtools-1.21.tar.bz2 
% sudo rm -rf samtools-1.21.tar.bz2 
</sxh>

  * On s'assure que le répertoire ''samtools-1.21''  appartient à ''root''  et que ces permissions sont à ''755'':

<sxh bash> % sudo chown -R root:root ./samtools-1.21 
% sudo chmod 755 ./samtools-1.21 </sxh>

  * Une fois dans le répertoire, la compilation est facile:

<sxh bash> 
% cd ./samtools-1.21 
% sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install 
% cd ./htslib-1.21 
% sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install 
</sxh>

  * Pour rendre ''samtools''  et les utilitaires de ''htslib''  disponibles à tous, il faut faire ceci modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes:

<sxh bash> 
# 
# SAMTools specific environment variable 
# 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.21/bin 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.21/htslib-1.21/bin 
</sxh>