====== Installation de RNAMotif 3.1.1 ======

===== Librairies additionnelles ===== 

Il vous faudra ceci:

   * ''bison''
   * ''flex''

<sxh bash>
% sudo apt-get -y install bison flex
</sxh>

De plus, il faut maintenant le client ''git'' mais il devrait déjà être installé ;-)

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de RNAMotif à partir du code source:

  * L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo git clone https://github.com/dacase/rnamotif.git
% sudo mv ./rnamotif ./rnamotif-3.1.1
</sxh>

  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.

<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./rnamotif-3.1.1
% sudo chmod -R 755 ./rnamotif-3.1.1
</sxh>

  * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''/opt/bio/sources/rnamotif-3.1.1'', la compilation se fait simplement:

<sxh bash>
% cd ./rnamotif-3.1.1
% sudo make 
</sxh>

  * Apres compilation, je crée un lien symbolique dans un nouveau répertoire appelé ''/opt/bio/sources/rnamotif-3.1.1/bin'':
<sxh bash>
% sudo mkdir ./bin 
% sudo ln -s /opt/bio/sources/rnamotif-3.1.1/src/rnamotif /opt/bio/sources/rnamotif-3.1.1/bin/rnamotif
</sxh>

  * Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, il faut modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' en y ajoutant les lignes suivantes:
<sxh bash>
#
# RNAMotif specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/rnamotif-3.1.1/bin
export EFNDATA=/opt/bio/sources/rnamotif-3.1.1/efndata
</sxh>