====== Installation de Pymol 3.2.0a ======

===== Librairies additionnelles =====

  * Les librairies suivantes sont nécessaires:

  * ''git''
  * ''python3-dev'' 
  * ''libglew-dev'' 
  * ''libpng-dev'' 
  * ''libfreetype6-dev'' 
  * ''libxml2-dev'' 
  * ''libmsgpack-dev'' 
  * ''python3-pyqt5.qtopengl'' 
  * ''libglm-dev'' 
  * ''libnetcdf-dev''
  * ''freeglut3-dev''

<sxh bash>
% sudo apt-get install git build-essential python3-dev libglew-dev libpng-dev libfreetype6-dev libxml2-dev libmsgpack-dev python3-pyqt5.qtopengl libglm-dev libnetcdf-dev freeglut3-dev
</sxh>

===== Procédure =====

Pour réussir à être à jour dans les versions de ce logiciel, l'approche code source a été choisie.

  * Premièrement, obtenir la dernière version stable du code source à partir de GitHub:
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source.git
</sxh>

  * Il faut que ''root'' soit le propriétaire de ce répertoire:
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./pymol-open-source
% sudo chmod 755 ./pymol-open-source
</sxh>

  * La compilation se fait via le script d'installation contenu dans le répertoire:
<sxh bash>
% cd ./pymol-open-source
% sudo python3 ./setup.py build install \
--use-msgpackc=no \
--home=/opt/bio/sources/pymol-open-source
</sxh>

  * Il faut modifier le script de démarrage ''pymol'' sous ''bin'' pour corriger où se trouve le point de démarrage. Avec ''nano'', selon votre plateforme:

<sxh bash>
#
# Version originale
#
#!/bin/sh
exec "/usr/bin/python3" "/usr/local/lib/python3.12/dist-packages/pymol/__init__.py" "$@"
</sxh>

<sxh bash>
# Pour x86_64
#!/bin/sh
exec "/usr/bin/python3" "/opt/bio/sources/pymol-open-source/build/lib.linux-x86_64-cpython-312/pymol/__init__.py" "$@"
</sxh>

<sxh bash>
# Pour ARM64
#!/bin/sh
exec "/usr/bin/python3" "/opt/bio/sources/pymol-open-source/build/lib.linux-aarch64-cpython-312/pymol/__init__.py" "$@"
</sxh>

  * Il faut ajouter les lignes suivantes à la toute fin du fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour que le système trouve les applications:
<sxh bash>
#
# PyMol specific environment variables 
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/pymol-open-source/bin
</sxh>  

  * Pymol est une application avec interface graphique; il faut donc l"utiliser dans l'interface Xfce ou bien via un client VNC/RDP ou un serveur XWindows. L'application s'appelle simplement:
<sxh bash>
% pymol
</sxh>

  * Il faut maintenant ajouter Pymol dans le menu Impilo:
    * Plus à venir...