====== Installation de MUSCLE 5.3 ======

===== Librairies additionnelles =====

  * Aucune librairie additionnelle nécessaire si les librairies nécessaire pour la compilation sont installées.
===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de MUSCLE à partir du code source:

  * L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé dans un dossier appelé ''muscle-5.3'':

<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o muscle-5.3.tar.gz https://github.com/rcedgar/muscle/archive/refs/tags/v5.3.tar.gz
% sudo tar -zxvf muscle-5.3.tar.gz
% sudo rm -rf muscle-5.3.tar.gz
</sxh>

  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.

<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./muscle-5.3
% sudo chmod 755 ./muscle-5.3
</sxh>

  * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''/opt/bio/sources/muscle-5.3/src'', la compilation se fait simplement:

<sxh bash>
% cd muscle-5.3/src
% sudo bash build_linux.bash
</sxh>

  * Finalement, ajouter ces lignes à la fin du fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''
<sxh bash>
#
# MUSCLE specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/muscle-5.3/bin
</sxh>