====== Installation de MAFFT 7.526 ======

===== Librairies additionnelles =====

Aucune librairie additionnelle est nécessaire.

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de MAFFT à partir du code source:

  * L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé:

<sxh bash> 
% cd /opt/bio/sources 
% sudo curl -L -O https://gitlab.com/sysimm/mafft/-/archive/main/mafft-main.tar.gz
% sudo tar -zxvf mafft-main.tar.gz
% sudo rm mafft-main.tar.gz
</sxh>

  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.

<sxh bash> 
% sudo chown -R root:root ./mafft-main.tar.gz 
% sudo chmod -R 755 ./mafft-main.tar.gz
 </sxh>

  * Il faut modifier quelques lignes dans les deux fichiers ''Makefile''  qui se trouvent dans ''/opt/bio/sources/mafft-main/core''  et ''/opt/bio/sources/mafft-main/extensions''. Dans les ceux cas, la ligne originale:

<sxh bash> PREFIX = /usr/local </sxh>

devient la ligne suivante:

<sxh bash> PREFIX = /opt/bio/sources/mafft-main </sxh>

  * On se retrouve dans le dossier ''mafft-main'', la compilation se fait alors facilement:

<sxh bash> 
% cd extensions 
# make install est nécessaire pour que le script mafft soit créer 
% sudo make && sudo make install 
% cd ../core 
% sudo make clean 
% sudo make && make install 
</sxh> 

* Il faut ajouter ces lignes dans le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  pour que les applications soient sur le ''$PATH'': 
<sxh> 
# 
# MAFFT specific environment variables 
# 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/mafft-main/bin </sxh> //