====== Installation de HISAT 2 2.2.1 ======

===== Librairies additionnelles ===== 

  * Pour assurer la bonne compilation sur un ordinateur en architecture ARM64, il faut installer les librairies ou applications  suivantes:
    * ''libsimde-dev''
    * ''quilt''
  * Comme on n'utilise pas ''ncbi-ngs'', il est impossible d'accéder aux archives SRA pour extraire des fichiers de séquences.

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de Bowtie2 à partir du code source:

  * Il faut télécharger un package disponible sur le site ''packages.ubuntu.com'' pour obtenir les //patches// logicielles pour une compilation dans une architecture ARM64 (l'application de ses patches n'affectera pas la compilation dans un environnement x86_64):
<sxh bash>
# Dans votre compte:
% curl -L -O http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/h/hisat2/hisat2_2.2.1-4.debian.tar.xz
% tar -xf hisat2_2.2.1-4.debian.tar.xz
# Et vous devriez voir un répertoire appelé Debian :-)
</sxh>

  * Sous ''/opt/bio/sources'', l'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.

<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o hisat2-2.2.1.zip https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/hisat2-221-source/download
% sudo unzip hisat2-2.2.1.zip
% sudo rm hisat2-2.2.1.zip
</sxh>

  * Vous devez ensuite copier le répertoire ''patches'' du dossier ''debian'' qui se trouve dans votre répertoire:
<sxh bash>
% sudo cp -r ~/debian/patches ./hisat2-2.2.1
</sxh>

  * Vous devez corriger les fichiers nécessaires en utilisant les informations contenues dans le dossier ''patches'':
<sxh bash>
% cd hisat2-2.2.1
% sudo quilt push -a
</sxh>

  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.

<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ../hisat2-2.2.1
% sudo chmod 755 ../hisat2-2.2.1
</sxh>

  * La compilation se fait simplement:

<sxh bash>
% sudo make
</sxh>

  * Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, simplement créer un répertoire ''bin'' dans ''hisat2-2.2.1'', créer un lien symbolique pour les nouvelles applications crées:
<sxh bash>
% sudo mkdir ./bin
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2 /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-align-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-align-l
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-align-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-align-s
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build-l
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build-s
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect-l
% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect-s
</sxh>

  * Finalement, ajouter ces lignes à la fin du fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''
<sxh bash>
#
# HISAT 2 specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin
</sxh>