====== Installation de CLUSTALW 2.1 ======

===== Librairies additionnelles =====

  * Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire pour cette installation.

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de CLUSTALW à partir du code source:

    * L'archive du code source a été téléchargé du site web sous ''/opt/bio/sources/'' et décompressé.
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1.tar.gz
% sudo tar -zxvf clustalw-2.1.tar.gz
% sudo rm -rf clustalw-2.1.tar.gz
</sxh>

    * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./clustalw-2.1
% sudo chmod 755 ./clustalw-2.1
</sxh>

    * SI vous êtes sur la plateforme Raspberry Pi, il faut faire les commandes suivantes **avant** de procéder en mettant à jour deux fichiers pour que la commande ''./configure'' puisse fonctionner:
<sxh bash>
% cd ./clustalw-2.1
% sudo curl -L -o config.guess "http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD"
% sudo curl -L -o config.sub "http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.sub;hb=HEAD"
</sxh>


    * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''./clustalw-2.1'', la compilation se fait simplement:

<sxh bash>
% cd ./clustalw-2.1
% sudo ./configure --prefix=/opt/bio/sources/clustalw-2.1 && sudo make && sudo make install
</sxh>

    * La commande ''sudo make install'' crée un répertoire ''/opt/bio/sources/clustalw-2.1/bin'' qui contient les exécutables; il faut éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' en y ajoutant ces lignes à la toute fin:

<sxh bash>
#
# ClustalW2 specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/clustalw-2.1/bin
</sxh>