====== Installation de Trinity 2.15.2 ======

===== Librairies additionnelles =====

Il faut installer un compilateur supplémentaire, ''cmake'', en plus de ''make'':

<sxh bash>
% sudo apt-get install cmake
</sxh>

Il faut aussi s'assurer d'avoir les applications suivantes installées et accessibles dans ''$PATH'':

  * ''bowtie2'' (installé [[[[fr:install:bin_app_repository:bowtie2|ici]])
  * ''jellyfish''
  * ''salmon'' (installé [[[[fr:install:bin_app_repository:salmon|ici]])
  * ''SAMtools''

L'application ne compile pas avec succès sur ARM64 donc les RPi sont hors de question... Comme Trinity est une application extrêmement exigeant en RAM, elle ne serait pas très satisfaisante de toute façon :-(

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de Trinity:

    * L'archive de l'application exécutable a été téléchargé du site web sous ''/opt/bio/sources/'' et décompressé.
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/archive/refs/tags/Trinity-v2.15.2.tar.gz
% sudo tar -zxvf Trinity-v2.15.2.tar.gz
% sudo rm -rf Trinity-v2.15.2.tar.gz
</sxh>

    * Le dossier ''trinityrnaseq-Trinity-v2.15.2'' devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./trinityrnaseq-Trinity-v2.15.2
% sudo chmod 755 ./trinityrnaseq-Trinity-v2.15.2
</sxh>

    * La compilation est simplement faite..
<sxh bash>
% cd ./trinityrnaseq-Trinity-v2.15.2
% sudo make
</sxh>

    * Il faut éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' en y ajoutant ces lignes à la toute fin:
<sxh bash>
#
# Trinity specific environment variables
#
export TRINITY_HOME=/opt/bio/sources/trinityrnaseq-Trinity-v2.15.2
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/trinityrnaseq-Trinity-v2.15.2
</sxh>