====== Installation de SPAdes 4.0. ======

===== Libraries additionnelles =====

  * Il faut s'assurer d'avoir les libraries suivantes:
    * ''g++'' (déjà disponible car le meta-package ''build-essential'' le contient)
    * ''cmake''
    * ''zlib1g-dev''
    * ''libbz2-dev''

<sxh bash>
% sudo apt-get install cmake zlib1g-dev libbz2-dev
</sxh>

  * Il faut aussi avoir une version de Python supérieure à 3.8 mais sur une installation Impilo basée sur Ubuntu 24.04, ce n'est pas un problème.
 
===== Procédure d'installation =====

  * En premier lieu, il faut se placer dans ''/opt/bio/sources'', télécharger l'archive du code source et la décompresser:
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o SPAdes-4.0.0.tar.gz  https://github.com/ablab/spades/archive/refs/tags/v4.0.0.tar.gz
% sudo tar -zxvf SPAdes-4.0.0.tar.gz
% sudo rm -rf SPAdes-4.0.0.tar.gz
</sxh>

  * Deuxièmement, le répertoire ''spades-4.0.0''  doit appartenir à ''root''  et ses permissions doivent être ''755'':

<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./spades-4.0.0
% sudo chmod 755 ./spades-4.0.0
</sxh>

  * Les développeurs ont inclus un script de compilation qui s'occupe de tout:
<sxh bash>
% cd ./spades-4.0.0
% sudo ./spades_compile.sh
</sxh>

  * Pour tester votre installation (notez cependant que si vous avez peu de mémoire vive, le test va planté...):
<sxh bash>
# Retournez dans votre $HOME
% cd
# Exécutez le test interne de SPAdes
% /opt/bio/sources/spades-4.0.0/bin/spades.py --test
</sxh>

  * Pour simplifier notre existence:
<sxh bash>
% sudo ln -s /opt/bio/sources/spades-4.0.0/bin/spades.py /opt/bio/sources/spades-4.0.0/bin/spades
</sxh>


  * Il reste à éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' en ajoutant ces lignes à la toute fin du fichier:
<sxh bash>
#
# SPAdes specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/spades-4.0.0/bin
</sxh>