====== Installation de Salmon 1.10.1 ======

Des changements dans l'environnement de développement+compilation oblige le changement de certains fichiers source pour permettre une compilation réussie...

===== Librairies additionnelles =====

  * Il faut commencer par s'assurer que la librairie ''build-essential''  soit déjà installé.
  * Il faut installer un compilateur supplémentaire, ''cmake'', en plus de ''make'', ainsi que les librairies suivantes (certaines le sont probablement déjà mais dans un tel cas, on aura une mise à jour):
      * ''libboost-dev''
      * ''libboost-filesystem-dev''
      * ''libboost-iostreams-dev''
      * ''libboost-program-options-dev''
      * ''libboost-chrono-dev''
      * ''libboost-system-dev''
      * ''libboost-timer-dev''
      * ''libbz2-dev''
      * ''libcurl4-openssl-dev''
      * ''libjemalloc-dev''
      * ''libjs-sphinxdoc''
      * ''liblzma-dev''
      * ''libcereal-dev''
      * ''libcurl4-openssl-dev''
      * ''libtbb-dev''
      * ''libzstd-dev''
      * ''pkg-config''
      * ''zlib1g-dev''

<sxh bash> 
% sudo apt install cmake libboost-dev libboost-chrono-dev libboost-filesystem-dev libboost-iostreams-dev libboost-program-options-dev libboost-chrono-dev libboost-system-dev libboost-timer-dev libbz2-dev libcurl4-openssl-dev libjemalloc-dev liblzma-dev libcereal-dev libtbb-dev libzstd-dev pkg-config zlib1g-dev 
</sxh>


===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de Salmon à partir du code source:

  * L'archive a été téléchargé du site web sous ''/opt/bio/sources/''  et décompressé.
<sxh bash> 
% cd /opt/bio/sources 
% sudo curl -L -o salmon.v1.10.1.tar.gz [[https://github.com/COMBINE-lab/salmon/archive/refs/tags/v1.10.1.tar.gz|https://github.com/COMBINE-lab/salmon/archive/refs/tags/v1.10.1.tar.gz]] 
% sudo tar -zxvf salmon.v1.10.1.tar.gz 
% sudo rm -rf salmon.v1.10.1.tar.gz</sxh>

  * Le dossier ''salmon-1.10.1''  devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
<sxh bash> 
% sudo chown -R root:root ./salmon-1.10.1 
% sudo chmod 755 ./salmon-1.10.1
</sxh>

  * Avant de continuer, il nous faut ajouter une ligne dans certaines fichiers... Le premier de ces fichiers est ''salmon-1.10.1/include/SalmonConfig.hpp'' qu'on ouvre avec "nano" pour faire la modification:
<sxh bash> 
% cd ./salmon-1.10.1
% nano ./include/salmonConfig.hpp
#
# On change la ligne suivante:
#
#include <string>
#
# ... pour ceci:
#
#include <string>
#include <cstdint>
</sxh>

  * le deuxième fichier à modifier est ''salmon-1.10.1/include/SalmonExceptions.hpp'':
<sxh bash>  
% nano ./include/salmonConfig.hpp
#
# On change les lignes suivantes:
#
#include <sstream>
#include <stdexcept>
#
# ... pour ceci:
#
#include <sstream>
#include <stdexcept>
#include <cstdint>
</sxh>

  * Comme on se retrouve toujours dans le dossier ''salmon-1.10.1'', on effectue la compilation simplement:
<sxh bash>  
# Sur serveur réel ou MV en architecture x86_64: 
% sudo cmake -DNO_IPO=TRUE -DBOOST_ROOT=/usr/lib/x86_64-linux-gnu -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=`pwd` 
# Si vous êtes sur un RPi: 
% sudo cmake -DNO_IPO=TRUE -DBOOST_ROOT=/usr/lib/aarch64-linux-gnu -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=`pwd` 
# Les prochaines étapes vont prendre un certain temps… 
% sudo make && sudo make install
</sxh>

  * Il faut éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes à la toute fin:
<sxh bash> 
# 
# Salmon specific environment variables 
# 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/salmon-1.10.1/bin 
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/bio/sources/salmon-1.10.1/lib
</sxh>