====== Installation de Primer3 2.6.1 ======

===== Librairies additionnelles ===== 

  * Aucune librairie additionnelle n'est nécessaire.

===== Procédure =====


Voici la procédure suivi pour l'installation de Primer3 à partir du code source:

  * Sous ''/opt/bio/sources'', on télécharge la toute dernière version du code source en utilisant sur GitHub:
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o primer3.v2.6.1.tar.gz https://github.com/primer3-org/primer3/archive/v2.6.1.tar.gz
% sudo tar -zxvf primer3.v2.6.1.tar.gz
$ sudo rm -rf primer3.v2.6.1.tar.gz
</sxh>

  * On se retrouve avec un répertoire appelé ''primer3-2.6.1''; il faut s'assure que le répertoire appartient à l'usager ''root'' et juste être certain de ses permissions: 
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./primer3-2.6.1
% sudo chmod -R 755 ./primer3-2.6.1
</sxh>

  * Il faut alors se diriger vers ''./primer3-2.6.1/src'' et démarrer/tester la compilation; faut pas s'en faire, le tout prend quelques minutes.
<sxh bash>
% cd ./primer3-2.6.1/src
% sudo make && sudo make test
</sxh>

  * Il n'y a pas de ''make install''  pour ce programme. Notez qu'il faut créer le lien symbolique ''primer32_core'' qui nécessaire pour que le programme ''eprimer32''  de la suite EMBOSS puisse le trouver et l'utiliser; il est incompatible avec l'appellation originale ''primer3_core''.

<sxh bash>
% sudo ln -s /opt/bio/sources/primer3-2.6.1/src/primer3_core /opt/bio/sources/primer3-2.6.1/src/primer32_core
</sxh>

   * Il faut maintenant modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour que l'exécutable soit visible par tous:
<sxh bash>
#
# Primer3 specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/primer3-2.6.1/src
</sxh>