===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de MUSCLE à partir du code source:

  * L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé dans un dossier appelé ''muscle_3.8.1551'':

<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o muscle-5.1.tar.gz https://github.com/rcedgar/muscle/archive/refs/tags/v5.1.tar.gz
% sudo tar -zxvf muscle-5.1.tar.gz
% sudo rm -rf muscle-5.1.tar.gz
</sxh>

  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.

<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./muscle-5.1
% sudo chmod 755 ./muscle-5.1
</sxh>

  * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''/opt/bio/sources/muscle-5.1/src'', la compilation se fait simplement:

<sxh bash>
% cd muscle-5.1/src
% sudo make
</sxh>

  * Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, simplement créer un répertoire ''bin'' dans ''muscle-5.1'', créer un lien symbolique:
<sxh bash>
% cd ..
% sudo mkdir ./bin
% sudo ln -s /opt/bio/sources/muscle-5.1/src/Linux/muscle /opt/bio/sources/muscle-5.1/bin/muscle
</sxh>

  * Finalement, ajouter ces lignes à la fin du fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''
<sxh bash>
#
# MUSCLE specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/muscle-5.1/bin
</sxh>