====== Installation de MAFFT 7.525 ======

===== Librairies additionnelles ===== 

Aucune librairie additionnelle est nécessaire.

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de MAFFT à partir du code source:

  * L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé:

<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.525-with-extensions-src.tgz
% sudo tar -zxvf mafft-7.525-with-extensions-src.tgz
% sudo rm mafft-7.525-with-extensions-src.tgz
</sxh>

  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.

<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./mafft-7.525-with-extensions
% sudo chmod -R 755 ./mafft-7.525-with-extensions
</sxh>

  * Il faut modifier quelques lignes dans les deux fichiers ''Makefile'' qui se trouvent dans ''/opt/bio/sources/mafft-7.505-with-extensions/core'' et ''/opt/bio/sources/mafft-7.525-with-extensions/extensions''. Dans les ceux cas, la ligne originale:

<sxh bash>
PREFIX = /usr/local
</sxh>

devient la ligne suivante:

<sxh bash>
PREFIX = /opt/bio/sources/mafft-7.525-with-extensions
</sxh>

  * On se retrouve dans le dossier ''mafft-7.525-with-extensions'', la compilation se fait alors facilement:

<sxh bash>
% cd extensions
// make install est nécessaire pour que le script mafft soit créer
% sudo make && sudo make install
% cd ../core
% sudo make clean
% sudo make && make install
</sxh>

  * Il faut ajouter ces lignes dans le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour que les applications soient sur le ''$PATH'':

<sxh>
#
# MAFFT specific environment variables 
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/mafft-7.525-with-extensions/bin
</sxh>