====== Installation de CLUSTAL OMEGA 1.2.4 ======

===== Librairies additionnelles =====

Les librairies suivantes sont nécessaires:

  * ''libargtable2-dev''

<sxh bash>
% sudo apt-get -y install libargtable2-dev
</sxh>
===== Procédure =====


Voici la procédure suivi pour l'installation de CLUSTAL OMEGA à partir du code source:


    * On se dirige vers ''/opt/bio/sources'' et on exécute les commandes suivantes en tant que ''sudoer'':
<sxh bash>
% sudo curl -L -O http://www.clustal.org/omega/clustal-omega-1.2.4.tar.gz
% sudo tar -zxvf clustal-omega-1.2.4.tar.gz
% sudo rm -rf clustal-omega-1.2.4.tar.gz
</sxh>


    * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./clustal-omega-1.2.4
% sudo chmod 755 ./clustal-omega-1.2.4
</sxh>

    * SI vous êtes sur la plateforme Raspberry Pi, il faut faire les commandes suivantes **avant** de procéder en mettant à jour deux fichiers pour que la commande ''./configure'' puisse fonctionner:
<sxh bash>
% cd ./clustal-omega-1.2.4
% sudo curl -L -o config.guess "http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD"
% sudo curl -L -o config.sub "http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.sub;hb=HEAD"
</sxh>

    * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''clustal-omega-1.2.4'', la compilation se fait simplement:


<sxh bash>
% cd ./clustal-omega-1.2.4
% sudo ./configure --prefix=/opt/bio/sources/clustal-omega-1.2.4 && sudo make && sudo make install
</sxh>

    * La commande ''sudo make install'' crée un répertoire ''/opt/bio/sources/clustal-omega-1.2.4'' qui contient les exécutables; il faut éditer plutôt le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' en y ajoutant ces lignes à la toute fin:

<sxh bash>
#
# Clustal OMEGA specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/clustal-omega-1.2.4/bin
</sxh>