====== Installation de Bedtools 2.31.1 ======

===== Libraries additionnelles =====

Les librairies suivantes sont nécessaires afin de compiler EMBOSS et les applications EMBASSY avec succès:
  * ''libbz2-dev''
  * ''python-is-python3''

<sxh bash>
% sudo apt install --no-install-recommends libbz2-dev python-is-python3
</sxh>

===== Procédure =====

  * Il faut aller chercher le code source sur GitHub:
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o bedtools2.v2.31.1.tar.gz https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/refs/tags/v2.31.1.tar.gz
% sudo tar -zxvf bedtools2.v2.31.1.tar.gz
% sudo rm -rf bedtools2.v2.31.1.tar.gz
</sxh>

  * Il faut s'assurer que le répertoire ''bedtools2'' appartient à ''root'' avec les bonnes permissions:
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./bedtools2-2.31.1
% sudo chmod 755 ./bedtools2-2.31.1
</sxh>

  * Avant de continuer, il nous faut ajouter une ligne dans le fichier est ''bedtools2-2.31.1/src/utils/general/ParseTools.h'' qu'on ouvre avec "nano" pour faire la modification:
<sxh bash> 
% cd ./bedtools2-2.31.1
% nano ./src/utils/general/ParseTools.h
#
# On change les lignes suivantes:
#
#include <cstring> //for memset
#include <limits>
#include <string>
#include <algorithm>
#include <vector>
#include "string.h"
#include <cstdio>
#include <cstdlib>
#
# ... pour ceci:
#
#include <cstring> //for memset
#include <limits>
#include <string>
#include <algorithm>
#include <vector>
#include "string.h"
#include <cstdio>
#include <cstdlib>
#include <cstdint>
</sxh>

  * On procède à la compilation grâce à la commande ''make''.
<sxh bash>
% cd bedtools2-2.31.1
% sudo make
</sxh>

  * Pour accéder au programme, on modifie le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour y ajouter les lignes suivantes:
<sxh bash>
#
# Bedtools specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/bedtools2-2.31.1/bin
</sxh>