====== Installation de Trimmomatic 0.39 ======

===== Librairies additionnelles =====

Java, déjà installé si vous avez [[fr:install:dev_app_select|suivi cette recette]].

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de Trimmomatic:

  * Il faut télécharger l'archive du site web et la décompresser sous ''/opt/bio/sources''. Vous trouverez un dossier nommé ''Trimmomatic-0.39''.

<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://github.com/usadellab/Trimmomatic/files/5854859/Trimmomatic-0.39.zip
% sudo unzip Trimmomatic-0.39.zip
% sudo rm -rf Trimmomatic-0.39.zip
</sxh>

  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.

<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./Trimmomatic-0.39
% sudo chmod 755 ./Trimmomatic-0.39
</sxh>

  * Trimmomatic est distribué sous la forme d'une archive Java (JAR), prêt à fonctionner. Cependant, c'est un peu difficile si on veut utiliser comme application sous ''$PATH''... Une solution simple: créer un fichier ''bash'' dans un répertoire ''bin'' qui encapsule l'exécution:
<sxh bash>
% sudo mkdir bin
% cd bin && sudo nano ./runTrimmomatic
</sxh>

<sxh bash>
# Texte du script
#!/bin/bash
java -jar /opt/bio/sources/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar $@
</sxh>

  * Il reste à rendre ce script exécutable et à créer un lien symbolique:

<sxh bash>
% chmod +x ./runTrimmomatic
</sxh>

  * Il reste à rendre le script ''runTrimmomatic'' disponible pour tous en éditant le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant à la toute fin les lignes suivantes:

<sxh bash>
#
# Trimmomatic specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/Trimmomatic-0.39/bin
</sxh>