====== Installation de Subread 2.0.6 ======

===== Librairies additionnelles =====

  * Aucune librairie additionnelle n'est nécessaire.

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation du package Subread à partir du code source:

  * L'archive du code source a été téléchargé du site web sous ''/opt/bio/sources/''  et décompressé.

<sxh bash> 
% cd /opt/bio/sources 
% sudo curl -L -o subread-2.0.6-source.tar.gz https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.6/subread-2.0.6-source.tar.gz/download 
% sudo tar -zxvf subread-2.0.6-source.tar.gz 
% sudo rm -rf subread-2.0.6-source.tar.gz 
</sxh>

  * Le dossier ''subread-2.0.6-source''  devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.

<sxh bash> 
% sudo chown -R root:root ./subread-2.0.6-source 
% sudo chmod 755 ./subread-2.0.6-source 
</sxh>

  * Si nous êtes sur un ordinateur ARM64 (comme un RPi), on doit faire des modifications au fichier ''Makefile.Linux'' qui se trouve dans le répertoire ''src'':
<sxh bash> 
% cd ./subread-2.0.6-source/src
% sudo sed -i 's/-mtune=core2/-mtune=cortex-a72/g' Makefile.Linux 
% sudo sed -i 's/-mtune=core2/-mtune=cortex-a72/g' ./longread-one/Makefile
</sxh>

  * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''subread-2.0.6-source'', la compilation se fait simplement:

<sxh bash> 

% sudo make -f Makefile.Linux 
</sxh>

  * Il faut éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes à la toute fin:

<sxh bash> 
# 
# Subread specific environment variables 
# 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/subread-2.0.6-source/bin 
</sxh>