====== Installation de SeqMonk 1.48.1 ======

===== Libraries =====

  * Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire; SeqMonk fournit son propre environnement Java. 

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de SeqMonk du site Web:

  * Il faut aller chercher l'archive sous ''/opt/bio/sources'':
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/seqmonk/seqmonk_v1.48.1_linux64.tar.gz
% sudo tar -zxvf seqmonk_v1.48.1_linux64.tar.gz
% sudo rm -rf seqmonk_v1.48.1_linux64.tar.gz
</sxh>

  * Le dossier ainsi créé devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./SeqMonk
% sudo chmod -R 755 ./SeqMonk
</sxh>

  * Il faut finalement modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour que la ligne de commande puisse trouver l'application en y ajoutant ces lignes:
<sxh bash>
#
# SeqMonk specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/SeqMonk
</sxh> 

  * SeqMonk est une application avec interface graphique; il faut donc l"utiliser dans l'interface Xfce ou bien via un client VNC/RDP ou un serveur XWindows. L'application s'appelle simplement:
<sxh bash>
% seqmonk
</sxh>

  * Il faut maintenant ajouter SeqMonk dans le menu Impilo:
    * Plus à venir...