====== Instruction d'installation de SAMtools 1.17 ======

===== Librairies additionnelles =====

Il faut installer la/les librairie(s) suivant(e)s:

  * ''libncurses-dev''
  * ''libbz2-dev''<sxh bash> % sudo apt-get install -y libncurses-dev libbz2-dev </sxh>
===== Procédure =====

Pour installer SAMtools à partir du code source, il vous faut suivre la recette suivante:

  * L'archive contenant le code source a été téléchargé à partir du site web et décompressée sous ''/opt/bio/sources'':

<sxh bash> % cd /opt/bio/sources % sudo curl -L -O [[https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.17/samtools-1.17.tar.bz2|https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.17/samtools-1.17.tar.bz2]] % sudo tar -jxvf samtools-1.17.tar.bz2 % sudo rm -rf samtools-1.17.tar.bz2 </sxh>

  * On s'assure que le répertoire ''samtools-1.17''  appartient à ''root''  et que ces permissions sont à ''755'':

<sxh bash> % sudo chown -R root:root ./samtools-1.17 % sudo chmod 755 ./samtools-1.17 </sxh>

  * Une fois dans le répertoire, la compilation est facile:

<sxh bash> % cd ./samtools-1.17 % sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install % cd ./htslib-1.17 % sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install </sxh>

  * Pour rendre ''samtools''  et les utilitaires de ''htslib''  disponibles à tous, il faut faire ceci modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes:

<sxh bash> # # SAMTools specific environment variable # export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.17/bin export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.17/htslib-1.17/bin </sxh>