====== Installation de Qualimap 2.3 ======

===== Libraries additionnelles =====

  * Il vous faut une installation de Java fonctionnelle, ce qui devrait déjà être le cas.
  * Il faut également une installation fonctionnelle de R, ce qui devrait déjà être le cas.
  * Il faut aussi installer les librairies suivantes pour certains es packages R nécessaires (voir ci-dessous):
    * ''libxml2-dev''
    * ''libcurl4-openssl-dev''

<sxh bash>
% sudo apt-get install libxml2-dev libcurl4-openssl-dev
</sxh>

===== Procédure =====

  * La construction de Qualimap via le code source est encore sous étude... En attendant, nous utiliserons l'application déjà compilée:
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://bitbucket.org/kokonech/qualimap/downloads/qualimap_v2.3.zip
% sudo unzip qualimap_v2.3.zip
% sudo rm -rf qualimap_v2.3.zip
</sxh>

  * Il faut s'assurer que le répertoire ''qualimap_v2.3'' appartient à ''root'' avec les bonnes permissions:
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root /opt/bio/sources/qualimap_v2.3
%+
</sxh>

  * Avant de procéder, il faut installer certains packages R via un script  qui se trouve dans le répertoire ''qualimap-v2.3''; cependant, il vous faudra l'éditer. 
<sxh bash>
% cd qualimap_v2.3/scripts
% sudo cp installDependencies.r installDependencies.r.old 
% nano installDependencies.r 
</sxh>

  * Pourquoi l'édition? Très simple: le script qui vient avec Qualimap utilise l'antique librairie ''biocLite'' pour installer les packages provenant de Bioconductor, un package qui est maintenant parti à la retraite pour être remplace par le package ''BiocManager''. Voici donc la nouvelle version du fichier ''installDependencies.r'':

<sxh>
# installing deps
# new Bioconductor package manager
if(!require("BiocManager")) {
    install.packages("BiocManager", repos = "http://cran.r-project.org")
}
library("BiocManager")

# CountsQC

if(!require("optparse")) {
    install.packages("optparse", repos = "http://cran.r-project.org")
}

if(!require("NOISeq")) {
    BiocManager::install("NOISeq")
}

# Epigenetics

if(!require("XML")) {
    install.packages("XML", repos = "http://cran.r-project.org")
}

if(!require("Repitools")) {
    BiocManager::install("Repitools")
}

if(!require("Rsamtools")) {
    BiocManager::install("Rsamtools")
}

if(!require("rtracklayer")) {
    BiocManager::install("rtracklayer")
}
</sxh>

  * Évidemment, avant de procéder, il faut que R soit installé et fonctionnel ;-)
  * Pour compléter l'installation des packages R, il faut simplement invoquer le script modifié (soyez patient, ça risque de prendre un certain temps...):
<sxh>
sudo /opt/bio/sources/R-4.3.1/bin/Rscript ./installDependencies.r
</sxh>


  * Pour accéder au programme, on modifie le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour y ajouter les lignes suivantes:
<sxh bash>
#
# Qualimap specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/qualimap_v2.3
</sxh>

  * Attention: pour accéder aux fonctions CLI de Qualimap, il vous faut spécifier une mode d'exécution; par ex.: ''qualimap rnaseq <blabla>''. Si vous invoquez Qualimap simplement pas son nom, il demandera à ouvrir une fenêtre graphique; il vous faudra donc l'utiliser via l'environnement XFCE.

  * Pour ajouter Qualimap dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:
    * Plus à venir...