====== Installation de Pymol 2.5.0 ======

===== Librairies additionnelles =====

  * Les librairies suivantes sont nécessaires:

  * ''python3-dev'' 
  * ''libglew-dev'' 
  * ''libpng-dev'' 
  * ''libfreetype6-dev'' 
  * ''libxml2-dev'' 
  * ''libmsgpack-dev'' 
  * ''python3-pyqt5.qtopengl'' 
  * ''libglm-dev'' 
  * ''libnetcdf-dev''

<sxh bash> 
% sudo apt-get install python3-dev libglew-dev libpng-dev libfreetype6-dev libxml2-dev libmsgpack-dev python3-pyqt5.qtopengl libglm-dev libnetcdf-dev
</sxh>

===== Procédure =====

Pour réussir à être à jour dans les versions de ce logiciel, l'approche code source a été choisie.

  * Premièrement, obtenir la dernière version stable du code source à partir de GitHub:
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o pymol.v2.5.0.tar.gz https://github.com/schrodinger/pymol-open-source/archive/v2.5.0.tar.gz
% sudo tar -zxvf pymol.v2.5.0.tar.gz
% sudo rm -rf pymol.v2.5.0.tar.gz
</sxh>

  * Il faut que ''root'' soit le propriétaire de ce répertoire:
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./pymol-open-source-2.5.0
% sudo chmod 755 ./pymol-open-source-2.5.0
</sxh>

  * La compilation se fait via le script d'installation contenu dans le répertoire:
<sxh bash>
% cd ./pymol-open-source-2.5.0
% sudo python3 ./setup.py build install \
--use-msgpackc=no \
--home=/opt/bio/sources/pymol-open-source-2.5.0
</sxh>

  * Il faut ajouter les lignes suivantes à la toute fin du fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour que le système trouve les applications:
<sxh bash>
#
# PyMol specific environment variables 
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/pymol-open-source-2.5.0
</sxh>  

  * Pymol est une application avec interface graphique; il faut donc l"utiliser dans l'interface Xfce ou bien via un client VNC/RDP ou un serveur XWindows. L'application s'appelle simplement:
<sxh bash>
% pymol
</sxh>

  * Il faut maintenant ajouter Pymol dans le menu Impilo:
    * Plus à venir...