====== Installation de Prokka 1.14.5 ======

===== Libraries =====

  * Pour faire fonctionner Prokka, il faut s'assurer d'avoir la librairie BioPerl d'installer, ce qui devrait avoir été fait dans une [[fr:install:dev_app_select|installation Impilo]]. Il vous faut ajouter les librairies suivantes:
    * ''libdatetime-perl'' 
    * ''libxml-simple-perl'' 
    * ''libdigest-md5-perl''

<sxh bash>
% sudo apt-get install libdatetime-perl libxml-simple-perl libdigest-md5-perl
</sxh>
===== Procédure =====

  * Le fonctionnement de Prokka dépend de la présence d'un certain nombre d'applications:
    * Absolument nécessaires:
      * BioPerl (voir ci-dessus)
      * BLAST+ (sur Impilo, [[fr:install:bin_app_repository:blast|devrait être déjà installé]])
      * [[fr:install:bin_app_repository:prodigal|Prodigal]] (fourni par l'application sous ''./binaries/linux'')
      * TBL2ASN (fourni par l'application sous ''./binaries/linux'')
    * Souhaitables:
      * Aragorn (fourni par l'application sous ''./binaries/linux'')
      * [[fr:install:bin_app_repository:barrnap|Barrnap]]
      * HMMER3 (fourni par l'application sous ''./binaries/linux'')
    * Facultatives:
      * MinCED (fourni par l'application sous ''./binaries/common'')
      * SignalP (voir [[http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/nph-sw_request?signalp|ce site]]; si ça vous intéresse, demandez-le!)
      * [[fr:install:bin_app_repository:infernal|Infernal]] (si vous n'avez pas encore installé [[fr:install:bin_app_repository:trnascan|tRNASCAN-SE]], c'est le temps!)

  * Avant de poursuivre, il faut donc vous assurer d'avoir installé toutes ces applications en place.

  * Une fois cela complété, il vous faut faire les opérations suivantes:
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o prokka-1.14.5.tar.gz https://github.com/tseemann/prokka/archive/v1.14.5.tar.gz
% sudo tar -zxvf prokka-1.14.5.tar.gz
% sudo rm prokka-1.14.5.tar.gz
</sxh>

  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./prokka-1.14.5
% sudo chmod -R 755 ./prokka-1.14.5
</sxh>

  * On termine en modifiant le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour y mettre à la fin les infos sur la position des applications:
<sxh bash>
#
# Prokka specific environment variables
#
export PATH=:$PATH:/opt/bio/sources/prokka-1.14.5/bin
</sxh>