====== Installation de Picard 3.0 ======

===== Libraries =====

  * Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire à part Java, déjà installé.

===== Procédure =====

===== Procédure =====

  * On doit se créer un nid sous ''/opt/bio/sources'' et on va chercher l'archive JAR sur GitHub:
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo mkdir picard-3.0
% cd picard-3.0
% sudo curl -L -O https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/3.0.0/picard.jar
</sxh>

  * Pas besoin de spécifier que tout appartient à ''root'' car c'est déjà le cas via la commande ''sudo''

  * On crée un petit script bash qui facilitera notre existence:
<sxh>
% sudo nano ./runPicard
</sxh>

  * On y met le texte suivant:
<sxh bash>
#!/bin/bash
java -jar ./picard.jar $@
</sxh> 

  * Il faut rendre ce script executable:
<sxh>
% sudo chmod +x ./runPicard
</sxh>

  * Les étapes précédentes rendent l'utilisation de Picard un peu plus facile: il n'est plus nécessaire de taper la commande java complète, seulement le nom du programme Picard désiré et les paramètres et fichiers d'utilisation.
 
  * On termine en modifiant le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour y mettre à la fin les infos sur la position des applications:
<sxh bash>
#
# Picard specific environment variables
#
export PATH=:$PATH:/opt/bio/sources/picard-3.0
</sxh>