====== Installation de Bowtie2 2.5.1 ======

===== Librairies additionnelles ===== 

  * Il faut installer les librairies suivantes:
    * ''libtbb-dev''

<sxh bash>
% sudo apt-get install libtbb-dev
</sxh>

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de Bowtie2 à partir du code source:

  * Sous ''/opt/bio/sources'', l'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.

<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o bowtie2.v2.5.1.tar.gz https://github.com/BenLangmead/bowtie2/archive/refs/tags/v2.5.1.tar.gz
% sudo tar -zxvf bowtie2.v2.5.1.tar.gz
% sudo rm bowtie2.v2.5.1.tar.gz
</sxh>

  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.

<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./bowtie2-2.5.1
% sudo chmod 755 ./bowtie2-2.5.1
</sxh>

  * La compilation se fait simplement:

<sxh bash>
% cd bowtie2-2.5.1
% sudo make
</sxh>

  * Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, simplement créer un répertoire ''bin'' dans ''bowtie2-2.4.1'', créer un lien symbolique pour les nouvelles applications crées:
<sxh bash>
% sudo mkdir ./bin
% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bowtie2 /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bin/bowtie2
% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bowtie2-align-l /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bin/bowtie2-align-l
% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bowtie2-align-s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bin/bowtie2-align-s
% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bowtie2-build /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bin/bowtie2-build
% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bowtie2-build-l /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bin/bowtie2-build-l
% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bowtie2-build-s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bin/bowtie2-build-s
% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bowtie2-inspect /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bin/bowtie2-inspect
% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bowtie2-inspect-l /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bin/bowtie2-inspect-l
% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bowtie2-inspect-s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bin/bowtie2-inspect-s
</sxh>

  * Finalement, ajouter ces lignes à la fin du fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''
<sxh bash>
#
# Bowtie2 specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/bowtie2-2.5.1/bin
</sxh>