====== Installation de Bioconductor 3.17 ======

===== Librairies additionnelles ===== 

  * Aucune librairie au niveau système n'est nécessaire.

  * Au niveau de R, il s'occupe de tout ;-)

===== Procédure de l'installation Bioconductor minimale =====

Bioconductor étant dépendant de R, assurez-vous de l'avoir [[..:r|installé]]! La version 3.17 de BioConductor est faite pour fonctionner avec la version 4.2 de R.

==== Méthode 1: via la console R ====

  * Comme on installe à partir de R, ouvrez une session R. L'utilisation du ''sudo'' est nécessaire car nous voulons faire l'installation à l'échelle du système et non seulement de l'utilisateur ''bioubuntu''.
<sxh bash>
% sudo R
</sxh>

  * Via le package ''BiocManager'', qui fera une installation Bioconductor minimale. Donc, toujours dans la console R:
<sxh>
> install.packages("BiocManager")
> library(BiocManager)
> BiocManager::install()
</sxh>

  * Prendre note que la méthode ''biocLite()'' est maintenant obsolète; elle disparaitrera sûrement dans le futur...

==== Méthode 2: via le shell ====

  * On peut aussi installé la version de base de BioConductor via le shell de l'ordi avec cette simple commande:
<sxh bash> 
% sudo /opt/bio/sources/R-4.2.1/bin/R -e "install.packages('BiocManager',repos='https://muug.ca/mirror/cran/');library(BiocManager);BiocManager::install()" 
</sxh>

  * Il est nécessaire d'entrer le ''PATH''  au complet car l'usager ''root''  ne voit pas le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''.

===== Procédure pour installer un package Bioconductor =====

  * Une fois dans R, on utilise une variante de l'installation minimale:
<sxh>
> library(BiocManager)
> BiocManager::install("monPackage")
</sxh>

  * Notez cependant que certains package Bioconductor pourraient demandé l'installation de packages systèmes supplémentaire. Si l'installation échoue, regardez les messages d"erreurs pour vérifier...