====== Installation de STRAP Compilation 21.06.2020 ======

===== Librairies additionnelles ===== 

  * Java, déjà installé.

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de STRAP:

  * STRAP est distribué sous la forme d'une archive JAR, prêt à exécuter. On se dirige vers ''/opt/bio/sources'' et on crée un répertoire ''strap_align'' et on s'y dirige.

<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo mkdir strap_align && cd ./strap_align
% sudo wget http://www.bioinformatics.org/strap/install2/strap-linux-unix.zip
% sudo unzip strap-linux-unix.zip 
% sudo rm -rf strap-linux-unix.zip
</sxh>

  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.

<sxh bash>
% sudo chown -R root:root /opt/bio/sources/strap_align
% sudo chmod 755 /opt/bio/sources/strap_align
</sxh>

  * Il faut modifier un peu le fichier ''strap.sh'' avant d'utiliser le logiciel. La ligne suivante:

<sxh bash>
dotsa=~/.StrapAlign
</sxh>

devient

<sxh bash>
dotsa=/opt/bio/sources/strap_align
</sxh>

  * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''/opt/bio/sources/strap_align'', le script ''strap.sh'' est l'application car il est exécutable:
<sxh bash>
% sudo mkdir ./bin
% sudo ln -s /opt/bio/sources/strap_align/strap.sh /opt/bio/sources/strap_align/bin/strap
</sxh>
 
  * Il faut rendre ce script disponible pour tous en ajoutant les lignes suivantes à la toute fin du fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'':
<sxh bash>
#
# STRAP specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/strap_align/bin
</sxh>

  * Pour ajouter STRAP dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:
    * Plus à venir...