====== Séquençage à moyen et haut débit: automatisation et assemblage ======

===== Introduction =====

Les avancées récentes dans le domaine du séquençage à moyen et haut débit (en anglais: //Next generation sequencing// (NGS ) et //High throughput sequencing// (HTS)) ont littéralement révolutionnées la biologie; elles permettent maintenant la construction rapide de génomes, la découverte de nouveaux gènes et de leurs transcrits, la mise en évidence des variations génétiques responsables de phénotypes ainsi que l'analyse de l'expression différentielle des gènes selon diverses conditions.

Sans la bio-informatique, les techniques NGS ne seraient par très productives… Quoique les outils soient encore l'objet d'un développement intensif, on peut dès maintenant mettre en place un pipeline procédural via une succesion d'étapes.

===== Plateformes expérimentales existantes =====

​Le processus d'analyse en aval seront très dépendantes de la plateforme de séquençage utilisée.

==== Séquençage par synthèse ====

  * ​[[:fr:impilopedia:ht_sequencing:platforms:ht_illumina_process|Procédé Solexa/Illumina]]
  * [[:fr:impilopedia:ht_sequencing:platforms:ht_454_process|Procédé 454/Roche]]
  * [[:fr:impilopedia:ht_sequencing:platforms:ht_iontorrent_process|Procédé IonTorrent]]
  * [[:fr:impilopedia:ht_sequencing:platforms:ht_nanopore_process|Procédé Oxford Nanopore]]


==== Séquençage par ligation ====

  * [[:fr:impilopedia:ht_sequencing:platforms:ht_iontorrent_process:ht_solid_process|Procédé SOLiD]]
===== ​Les étapes d'un pipeline d'analyse NGS =====

  * [[:fr:impilopedia:ht_sequencing:analysis_pipeline:ht_data_acquisition|Acquisition et stockage des données brutes]]
  * [[:fr:impilopedia:ht_sequencing:analysis_pipeline:qc_sequences:qc_sequences|Contrôle de la qualité des séquences brutes]]
  * [[:fr:impilopedia:ht_sequencing:analysis_pipeline:filter_reads:filter_bad_reads|Filtrage des séquences brutes]]
  * [[:fr:impilopedia:ht_sequencing:analysis_pipeline:align_n_assemble_reads|Alignement et assemblage]]
  * [[:fr:impilopedia:ht_sequencing:analysis_pipeline:qc_alignements|Contrôle de la qualité des alignements]]
  * [[:fr:impilopedia:ht_sequencing:analysis_pipeline:things_2_do_snp_discovery|Exploitation des données: recherche de variants]]
  * [[:fr:impilopedia:ht_sequencing:analysis_pipeline:things_2_do_rnaseq|Exploitation des données: RNASeq]]
===== D'autres choses à faire avec des données de séquençage NGS =====

  * [[:fr:impilopedia:ht_sequencing:misc:samtools_howto|Comment utiliser SAMtools pour extraire vos données pertinentes?]]